يتألف مجلس أمناء كلية الإمام الهادي من عدد من الأعضاء ذوي الكفاءات العلمية والأساتذة المختصين والشخصيات المتميزة الوطنية في مختلف الميادين, وتجلس على رئاسته سعادة الدكتورة / بخيتة الإمام الهادي المهدي
المهام والمسؤوليات الرئيسية لمجلس الأمناء:
* وضع الاستراتيجية العامة للكلية ورسم سياستها العلمية
* الاطلاع على الأعمال والمنجزات المتعلقة بالكلية ومناقشتها وتقويمها واقتراح تطويرها.
* اقتراح مشروع موازنة الكلية.
* الموافقة على تعيين نواب رئيس الكلية ورؤساء الأقسام .
* الموافقة على احداث كليات ومراكز .
* الموافقة على اللائحة التنفيذية والنظام المالي واللائحة الداخلية والنظام الداخلي.
* تنفيذ السياسة العامة للكلية وذلك من خلال رسم وتنظيم برامج التعليم والبحوث والتدريب ووضع الخطط الكفيلة بتوفير الإمكانيات الكافية لتحقيق ذلك.
*وضع خطط إنشاء المباني واستكمال وتطوير المخابر والتجهيزات والمكتبات في الكلية .
* اقتراح النظام الداخلي للجامعة واللوائح الداخلية للبرامج الأكاديمية.
* الموافقة على تعيين أعضاء هيئة التدريس ونقلهم داخل الكلية ووضع نواظم التعاقد معهم وتحديد تعويضاتهم ومكافآتهم وجميع الأمور الأخرى المتعلقة بعملهم.
* اقتراح عقد اتفاقيات التعاون مع الجامعات السودانية والعربية والأجنبية والمنظمات العربية والإقليمية والدولية بعد موافقة إدارة التعليم العالي.
يمارس مجلس الأمناء الصلاحيات والمسؤوليات الرئيسية التالية :
● انتخاب أعضاء المجلس الجدد وقبول استقالة الأعضاء، وانتخاب الرئيس من بين أعضائه، وانتخاب بقية أعضاء الهيئة الإدارية من بين أعضائه وتحديد مناصبهم.
● رسم السياسة العامة للكلية وتقييم تنفيذها.
● تأمين وتنمية وإدارة ومتابعة الموارد المالية للكلية وتنظيم استثمارها والمحافظة عليها.
● مناقشة وإقرار مشروع خطة وموازنة الكلية السنوية المقدمة من وكيل الكلية، وتقرير عميد الكلية عن السنة المنصرمة، والحسابات المالية الختامية للسنة المنصرمة.
● إقرار فتح فروع للكلية أو إنشاء أو دمج أو إلغاء أقسام أو معاهد أو مراكز علمية فيها.
● إقرار وتعديل القانون العام لكلية الإمام الهادي والأنظمة المختلفة المتعلقة بشؤونها الأكاديمية والإدارية والمالية.
● إقرار مشاريع البناء في الكلية ومتابعة تنفيذها.
● إبرام اتفاقيات تعاون أو ارتباط أو شراكة مع مؤسسات تتوافق أهدافها مع أهداف المجلس المذكورة أعلاه.
● تعيين مستشار قانوني، ومدقق حسابات خارجي.
ويشمل النظام الأساسي تفاصيل الاجراءات المتعلقة بالمهام والمسؤوليات المشار إليها أعلاه.